Zgodnie z treścią wytycznych dotyczących kwalifikowalności wydatków 2021-2027, VAT może być kosztem kwalifikowalnym w projekcie, którego łączny koszt jest mniejszy niż 5 mln EUR (włączając VAT).

W projektach o wartości przekraczającej 5 mln EUR, VAT może być kwalifikowalny jedynie wówczas, gdy brak jest prawnej możliwości odzyskania podatku VAT zgodnie z przepisami prawa krajowego.

Dodatkowo zgodnie z pkt. 6 podrozdziału 3.5. Wytycznych „zapłacony podatek VAT może być uznany za wydatek kwalifikowalny wyłącznie wówczas, gdy beneficjentowi ani żadnemu innemu podmiotowi zaangażowanemu w realizację projektu lub wykorzystującemu do działalności opodatkowanej produkty będące efektem realizacji projektu, zarówno w fazie realizacyjnej jak i operacyjnej, ani uczestnikowi projektu, czy innemu podmiotowi otrzymującemu wsparcie z EFS+, zgodnie z obowiązującym prawodawstwem krajowym, nie przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego lub ubiegania się o zwrot podatku VAT. Posiadanie wyżej wymienionego prawa (potencjalnej prawnej możliwości) wyklucza uznanie wydatku za kwalifikowalny, nawet jeśli faktycznie zwrot nie nastąpił, np. ze względu na niepodjęcie przez podmiot czynności zmierzających do realizacji tego prawa.”

Należy mieć także na uwadze to, że zgodnie z powszechnie obowiązującymi w Polsce przepisami podatkowymi, beneficjenci podejmujący działalność komercyjną zobowiązani są do zwrotu zrefundowanej w ramach projektu części poniesionego VAT, jeżeli zaistnieją przesłanki umożliwiające odzyskanie tego podatku. Obowiązek odnosi się do całego okresu, w jakim beneficjenci mogą nabyć prawo do odzyskania części poniesionego VAT, zgodnie z art. 91 ustawy o VAT, tj. nawet przez okres 10 lat i nie ogranicza się do okresu trwałości projektu.