Zgodnie z treścią wytycznych dotyczących kwalifikowalności wydatków 2021-2027, VAT może być kosztem kwalifikowalnym w projekcie, którego łączny koszt jest mniejszy niż 5 mln EUR (włączając VAT).

W projektach o wartości przekraczającej 5 mln EUR, VAT może być kwalifikowalny jedynie wówczas, gdy brak jest prawnej możliwości odzyskania podatku VAT zgodnie z przepisami prawa krajowego.

Dodatkowo zgodnie z pkt. 6 podrozdziału 3.5. Wytycznych „zapłacony podatek VAT może być uznany za wydatek kwalifikowalny wyłącznie wówczas, gdy beneficjentowi ani żadnemu innemu podmiotowi zaangażowanemu w realizację projektu lub wykorzystującemu do działalności opodatkowanej produkty będące efektem realizacji projektu, zarówno w fazie realizacyjnej jak i operacyjnej, ani uczestnikowi projektu, czy innemu podmiotowi otrzymującemu wsparcie z EFS+, zgodnie z obowiązującym prawodawstwem krajowym, nie przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego lub ubiegania się o zwrot podatku VAT. Posiadanie wyżej wymienionego prawa (potencjalnej prawnej możliwości) wyklucza uznanie wydatku za kwalifikowalny, nawet jeśli faktycznie zwrot nie nastąpił, np. ze względu na niepodjęcie przez podmiot czynności zmierzających do realizacji tego prawa.”

Należy mieć także na uwadze to, że zgodnie z powszechnie obowiązującymi w Polsce przepisami podatkowymi, beneficjenci podejmujący działalność komercyjną zobowiązani są do zwrotu zrefundowanej w ramach projektu części poniesionego VAT, jeżeli zaistnieją przesłanki umożliwiające odzyskanie tego podatku. Obowiązek odnosi się do całego okresu, w jakim beneficjenci mogą nabyć prawo do odzyskania części poniesionego VAT, zgodnie z art. 91 ustawy o VAT, tj. nawet przez okres 10 lat i nie ogranicza się do okresu trwałości projektu.

W ramach FEPW dopuszczalna jest forma partnerstwa, o której mowa w art. 39 ustawy wdrożeniowej.
Jednocześnie zgodnie z Umową o dofinansowanie (projekt Umowy udostępniony w dokumentacji naborowej) w § 4 ust. 1, pkt a) wskazano, że: „za realizację przez Partnera obowiązków wynikających z Umowy odpowiada Beneficjent” oraz pkt c) „wszelkie wynikające z Umowy uprawnienia i zobowiązania Beneficjenta stosuje się odpowiednio do Partnerów, którzy w stosunku do Instytucji Pośredniczącej wykonują je za pośrednictwem Beneficjenta”. Tym samym w przypadku realizacji projektu w formie partnerstwa podmiotem realizującym wskazane zadanie oraz upoważnionym do ponoszenia wydatków może być Partner/jednostka samorządu terytorialnego należąca do Miejskiego Obszaru Funkcjonalnego (MOF).
Beneficjenci/partnerzy zobowiązani są do przygotowania i przeprowadzenia postępowania o udzielenie zamówienia w ramach projektu w sposób przejrzysty i proporcjonalny, zapewniający zachowanie uczciwej konkurencji oraz równe traktowanie wykonawców na warunkach określonych w przepisach dotyczących zamówień publicznych oraz w Wytycznych dotyczących kwalifikowalności wydatków, z uwzględnieniem zapisów Umowy o dofinansowanie projektu. Szczegółowe wymagania dotyczące sposobu udzielania zamówień w związku z realizacją Projektu określone są w Wytycznych dot. kwalifikowalności wydatków na lata 2021-2027.
Zasadą pozostaje szacowanie wartości zamówień w ramach jednostki (nie trzeba, sumować wartości zamówienia z innymi zamówieniami udzielanymi w tym samym projekcie przez innych partnerów), pod warunkiem, że umowa o dofinansowanie nie przewiduje w tym zakresie innych rozwiązań. Należy jedynie pamiętać, o zasadzie szacowania zamówień na roboty budowlane i kwestii rozumienia definicji obiektu budowlanego. Gdy przedmiotem zamówienia jest obiekt budowlany wyznaczony wspólną funkcją gospodarczą i techniczną (realizowany wspólnie przez partnerów), wówczas zamawiający/partnerzy powinni dokonać łącznego szacowania, sumując wartość robót składających się na ww. zamówienie.
Niezależnie od powyższego, partnerzy w projekcie mogą fakultatywnie wybrać sposób udzielania zamówień, który będzie zakładał łączne szacowanie ich wartości.

Odnośnie do prawidłowego funkcjonowania projektu w fazie operacyjnej, tj. w okresie trwałości, ten obowiązek ciąży na Beneficjencie. Zgodnie z zasadami udzielania wsparcia, to Beneficjent odpowiada za utrzymanie majątku powstałego w wyniku realizacji projektu minimum w ciągu 5 lat od dnia zakończenia realizacji projektu (przy czym zakończenie realizacji projektu oznacza dzień dokonania płatności końcowej na rachunek bankowy Beneficjenta – w przypadku, gdy w ramach rozliczenia wniosku o płatność końcową Beneficjentowi przekazywane jest dofinansowanie albo dzień zatwierdzenia wniosku o płatność końcową – w pozostałych przypadkach).
Właścicielem zakupionego i powstałego w ramach projektu majątku może być Beneficjent bądź Partner, tj. gmina z MOF, pod warunkiem, że zostanie on wprowadzony do ewidencji środków trwałych danego podmiotu i własność ta nie zostanie przeniesiona na żaden inny podmiot przez wymagany okres, za co również odpowiada Beneficjent.