W ramach FEPW dopuszczalna jest forma partnerstwa, o której mowa w art. 39 ustawy wdrożeniowej.
Jednocześnie zgodnie z Umową o dofinansowanie (projekt Umowy udostępniony w dokumentacji naborowej) w § 4 ust. 1, pkt a) wskazano, że: „za realizację przez Partnera obowiązków wynikających z Umowy odpowiada Beneficjent” oraz pkt c) „wszelkie wynikające z Umowy uprawnienia i zobowiązania Beneficjenta stosuje się odpowiednio do Partnerów, którzy w stosunku do Instytucji Pośredniczącej wykonują je za pośrednictwem Beneficjenta”. Tym samym w przypadku realizacji projektu w formie partnerstwa podmiotem realizującym wskazane zadanie oraz upoważnionym do ponoszenia wydatków może być Partner/jednostka samorządu terytorialnego należąca do Miejskiego Obszaru Funkcjonalnego (MOF).
Beneficjenci/partnerzy zobowiązani są do przygotowania i przeprowadzenia postępowania o udzielenie zamówienia w ramach projektu w sposób przejrzysty i proporcjonalny, zapewniający zachowanie uczciwej konkurencji oraz równe traktowanie wykonawców na warunkach określonych w przepisach dotyczących zamówień publicznych oraz w Wytycznych dotyczących kwalifikowalności wydatków, z uwzględnieniem zapisów Umowy o dofinansowanie projektu. Szczegółowe wymagania dotyczące sposobu udzielania zamówień w związku z realizacją Projektu określone są w Wytycznych dot. kwalifikowalności wydatków na lata 2021-2027.
Zasadą pozostaje szacowanie wartości zamówień w ramach jednostki (nie trzeba, sumować wartości zamówienia z innymi zamówieniami udzielanymi w tym samym projekcie przez innych partnerów), pod warunkiem, że umowa o dofinansowanie nie przewiduje w tym zakresie innych rozwiązań. Należy jedynie pamiętać, o zasadzie szacowania zamówień na roboty budowlane i kwestii rozumienia definicji obiektu budowlanego. Gdy przedmiotem zamówienia jest obiekt budowlany wyznaczony wspólną funkcją gospodarczą i techniczną (realizowany wspólnie przez partnerów), wówczas zamawiający/partnerzy powinni dokonać łącznego szacowania, sumując wartość robót składających się na ww. zamówienie.
Niezależnie od powyższego, partnerzy w projekcie mogą fakultatywnie wybrać sposób udzielania zamówień, który będzie zakładał łączne szacowanie ich wartości.

Odnośnie do prawidłowego funkcjonowania projektu w fazie operacyjnej, tj. w okresie trwałości, ten obowiązek ciąży na Beneficjencie. Zgodnie z zasadami udzielania wsparcia, to Beneficjent odpowiada za utrzymanie majątku powstałego w wyniku realizacji projektu minimum w ciągu 5 lat od dnia zakończenia realizacji projektu (przy czym zakończenie realizacji projektu oznacza dzień dokonania płatności końcowej na rachunek bankowy Beneficjenta – w przypadku, gdy w ramach rozliczenia wniosku o płatność końcową Beneficjentowi przekazywane jest dofinansowanie albo dzień zatwierdzenia wniosku o płatność końcową – w pozostałych przypadkach).
Właścicielem zakupionego i powstałego w ramach projektu majątku może być Beneficjent bądź Partner, tj. gmina z MOF, pod warunkiem, że zostanie on wprowadzony do ewidencji środków trwałych danego podmiotu i własność ta nie zostanie przeniesiona na żaden inny podmiot przez wymagany okres, za co również odpowiada Beneficjent.