Negatywny wynik walidacji nie stanowi przesłanki do odmowy w zakresie dofinansowania (zrefundowania) kosztów usługi szkoleniowej przedsiębiorcy. Zgodnie z pkt. D.25. Procesu udzielania wsparcia: "Negatywny wynik walidacji nie ma wpływu na kwalifikowalność wydatków związanych ze świadczeniem Usługi rozwojowej, o ile wszystkie elementy przewidziane w Karcie usługi rozwojowej zostały zrealizowane poprawnie." W takiej sytuacji uczestnika wlicza się do wskaźnika produktu „Liczba pracowników objętych wsparciem w obszarach kluczowych dla rozwoju społeczno-gospodarczego” , ale nie wlicza się do wskaźnika rezultatu „Liczba osób, które uzyskały kwalifikacje po opuszczeniu programu”.

We wniosku o dofinansowanie w polu „Możliwość odzyskania VAT” należy wybrać opcję "nie dotyczy".  Co do zasady w projektach do 5 mln euro VAT jest wydatkiem kwalifikowalnym. Pole to nie dotyczy kwestii szczegółowych uwarunkowań dotyczących kwalifikowania VAT od usług rozwojowych.

Zgodnie z treścią wytycznych dotyczących kwalifikowalności wydatków 2021-2027, VAT może być kosztem kwalifikowalnym w projekcie, którego łączny koszt jest mniejszy niż 5 mln EUR (włączając VAT).

W projektach o wartości przekraczającej 5 mln EUR, VAT może być kwalifikowalny jedynie wówczas, gdy brak jest prawnej możliwości odzyskania podatku VAT zgodnie z przepisami prawa krajowego.

Należy mieć także na uwadze to, że zgodnie z powszechnie obowiązującymi w Polsce przepisami podatkowymi, beneficjenci podejmujący działalność komercyjną zobowiązani są do zwrotu zrefundowanej w ramach projektu części poniesionego VAT, jeżeli zaistnieją przesłanki umożliwiające odzyskanie tego podatku. Obowiązek odnosi się do całego okresu, w jakim beneficjenci mogą nabyć prawo do odzyskania części poniesionego VAT, zgodnie z art. 91 ustawy o VAT, tj. nawet przez okres 10 lat i nie ogranicza się do okresu trwałości projektu.